In Bohinj gibt es mehr als 1000 verschiedene Pflanzenarten, die zu der so genannten  Alpenflora, der buntesten in Europa, gehört. Aus diesem Grund ist Bohinj auch für Botaniker ein beliebtes Reiseziel. Einige Pflanzenarten wachsen nur in dieser Region, deswegen wurden sie nach Bohinj oder Triglav benannt (Zois Glockenblume, Gentiana terglouensis, blauer Triglav-Enzian, ...).
Aufgrund seiner Lage, des abwechslungsreichen Terrains, Höhenunterschieds, Mittelmeereinflusses und des geologischen Aufbaus befinden sich in der Höhenstufe 700 bis 2500 Metern verschiedene Standorte mit vielfältiger Flora. Im Tal trifft man auf die bunte Weisenflora (Frühlings-Enzian, Arnika, Glockenblume, ...). Im Frühling, wenn der Schnee schmelzt, erscheint in den unteren Bergen die Frühlingsflora (Gelbe Frauenschuh, Bohinj-Schwertlilie, Stengelloser Enzian, ...). Die Fužina-Berge sind reich an Geröllhaldeflora, die sich auf 2000 Metern Meereshöhe befindet (Dolomiten-Fingerkraut, Himmelsherold, Dachziegeliger Enzian, Triglav-Pippau, ...). Am Ende Juni wächst Kohlröschen und Edelweiß. Einen besonderen Platz unter den Pflanzenarten verdienen auch einige in den höher liegenden Mooren, die aufgrund von Torfmoos entstanden sind. Einige dieser Pflanzenarten kommen in verschiedenen Geschichten und Erzählungen vor. Die Bekannteste Pflanzenart ist sicherlich das Dolomiten-Fingerkraut, das in der Geschichte über das Goldhorn vorkommt. 

Dolomiten-Fingerkraut
Silber-Storchschnabel	Nickende Glockenblume
Kohlröschen	Edelweiß
Krainer Lilie	Aurikel